第31話「雨の惨劇」脚本：並木 敏／絵コンテ：菊池一仁／演出：元永慶太郎／作画監督：戸部敦夫／GUEST：内海：鈴置洋孝 他
晴海で開催中の「国際レイバーショウ」の警備に当たる第二小隊。篠原重工のブースには、イングラムに変わって導入が噂されている量産型イングラムも展示されていた。その会場で、野明と遊馬は内海とバドに再会する。イングラムのデータを狙っている内海は、ショーの最終日にグリフォンを会場に乱入させることを企てていたのだ。
噂の量産型イングラムのことがきになる野明。遊馬はその性能を探ろうとして、アルフォンスのディスクで量産型イングラムに試乗してしまう。内海はこの機を逃さず、グリフォンを会場へ。迎え撃つ遊馬の量産型イングラムも太田の二号機もまったく歯が立たず、圧倒的な強さを見せるグリフォンの前に惨敗。野明は遊馬からディスクを取り戻し、アルフォンスでグリフォンに立ち向かうが・・・
イングラムvsグリフォンの第一戦！まずはバドに軍配か！？
第32話「再会」脚本：伊藤和典／絵コンテ：菊池一仁／演出：青木康直／作画監督：高木弘樹／GUEST：黒崎：土師孝也 他
晴海のレイバーショウを急襲し、周囲を大混乱に陥れたまま何とか空を飛んで現場を離脱したグリフォン。後に残ったのはボロボロになった二号機と、怪我を追った熊耳と遊馬、そしてショックを隠せない特車二課の隊員達だけであった。しかし熊耳の手術も無事終了、遊馬も翌日にはハンガーに顔を出しテレビではグリフォン墜落のニュースも流れて一応ホッとする隊員達。
一方墜落を装いバドとグリフォンの回収に成功した内海は、第二ラウンドに向けてはりきる。しかし、シャフト本社に松井達の捜査の手が伸び、計画を中止せざるを得ない事態に。SSSも動き出し社内的にも追い込まれるが・・・。
そうした中、野明に心強い助っ人が。
うまく墜落を装う内海。しかしレイバーを飛ばすとは、ロボコップみたいなヤツですね。（こっちが最初？）
第33話「シャフトの犬たち」脚本：伊藤和典／絵コンテ：吉永尚之／演出：西山明樹彦／作画監督：井口忠一／GUEST：松井：西村知道 他
これ以上内海にグリフォンを任せておくと、シャフト本社にまで害が及ぶ危険があると判断した専務は、SSSに内海の収監とグリフォンの引き取りを依頼する。しかし、内海は土浦の研究所を強行突破し、グリフォンともども「さんぐりあ号」に乗船。東京へと進路をとる。
その頃特車二課では、グリフォンの墜落片がカモフラージュであることが判明し、野明はグリフォンとの決戦を覚悟する。そして当のグリフォン、バド、内海はシャフト本社、SSSまでも敵に回し「バビロンの城門」に上陸を果たそうとしていた。
内海の動きを察知した第二小隊は、これを迎撃すべく出動。何もできずにくやしがる遊馬を残し、バビロンプロジェクト川崎ベースに向かうが・・・・
熊耳と香貫花の初対面シーンもみどころ、また、野明って・・・・
第34話「城門の戦い」脚本：伊藤和典／絵コンテ・演出：青木康直／作画監督：西村誠芳／GUEST：内海：鈴置洋孝 他
バビロンの城門・木更津側へと急ぐ野明達。その間にもグリフォンはSSS相手に暴れ放題。エブラハムといえども、グリフォンの敵ではなかった。ようやく現場に到着し、ライアットガンを構える野明だが、TV局の取材班がいて肝心の飛び道具が使えない。足下の警官隊も気になって防戦一方。
その頃ハンガーでいてもたってもいられない遊馬は、しのぶに同行を申し込むが断られる。が、見かねた榊のヘリに同乗させてもらい現場へ向かう。
自らの手でグリフォンを抑えられなかったSSSは、警察の手に落ちるよりはと、混乱に乗じて爆薬を仕掛けようとする。そのエブラハムの動きに一瞬照準を外すイングラム。その隙をのがさず、襲いかかるグリフォン。やむなく発砲するが、一瞬遅くかわされてしまう。やられると思った瞬間、爆風を受けて吹っ飛ぶイングラムとグリフォン。衝撃で気を失った野明は・・・！？
さあ、白熱する戦いがみどころ。三者の思惑が交差して面白い・・・！
第35話「グリフォン墜つ！」脚本：伊藤和典／絵コンテ：吉永尚之／演出：浦田保則／作画監督：戸部敦夫／GUEST：多美子：TARAKO 他
爆発のショックから立ち直った野明は、一転してグリフォン鎮圧への自信を深め、反撃を開始する。一方、今までの相手とは勝手が違って劣勢に追い込まれたバドは、コックピットの中で愕然。グリフォンも爆発によるダメージで異常音を発生。その後イングラムはグリフォンのパンチで、グリフォンは太田、ひろみのリボルバーでともにモニターを損傷、壮絶などつきあいに。
第一小隊のパイソンまでもが、援護に回る状況を見た内海はバドに離脱を命ずるが、拒むバド。黒崎はバドを見捨てても内海がいれば再起できるとまで提案するが、バドもようやく離脱を決意。
ジェット噴射で上昇するグリフォンだが、ダメージがひどく湾を出る前に墜落。内海は極東マネージャに回収を依頼する。
事件は一応解決するが・・・。
今回は、野明の勝ち。しかし、新たな展開も感じさせつつ・・・・
第36話「野明の冒険」脚本：並木 敏／絵コンテ・演出：元永慶太郎／作画監督：高見明男／GUEST：実山：辻村真人
奥多摩での警察学校分校での訓練合宿。滅茶苦茶な模擬戦に、熱くなる野明と太田だが、野明の動きが今一つ良くない。何やら思うところある様子。更に翌日の射撃訓練では、太田の射撃のうまさ、ひろみの適性、遊馬、進士の能力を見せられ自分の適性、社会に対する貢献度に疑いを持ってしまう。
そんなある晩、みんなの夜食を買いに行った野明は、帰り道の河原で一万円札が何枚も流されてくるのを発見。事件の臭いを感じ、そのまま一人で上流へと向かう。一方待っても待ってもなかなか帰って来ない野明を心配する遊馬達は、都心で金融強盗事件が発生して犯人がこの近くに逃亡中という情報を入手。ますます心配しながら現場へ向かう。
その頃、野明は現金がいっぱい詰まった鞄を抱えて怪我をしているあやしげな男と素遇する。
さて、このあとどうなっちゃうんでしょうね！？
第37話「安心売ります」脚本：並木 敏／絵コンテ：滝沢敏文／演出：西山明樹彦／作画監督：山田きらさか／GUEST：尚代：藤夏子
特車二課の出動時には、パトレイバー保険というものが適用され、おかげで隊員達は安心して仕事に励めるのだが、実際には第一小隊の８倍もの保険金を請求する第二小隊の仕事の荒さは内部でも問題になっていた。そんなある日、現場検証をやり直すという連絡が保険会社から入る。しぶしぶ応じる第二小隊であるが、結局「太田の安全に対する配慮が十分でない」と判断され、保険金は降りない。そのうえ、お目付役として尚代という中年のおばちゃんまで派遣されてしまう。尚代は世話好きで気のいい人物だったが、太田だけは不満顔。
やがて出動命令が出て、尚代もそれに随行するが太田の不注意で思わぬ損害が生じ、さらに事件とは何も関係ない少年の自転車を踏みつぶしてしまう。そんな第二小隊の現状を見た尚代は・・・
確かに太田さんにはいい薬になったことでしょう。うんうん。
第38話「地下迷宮物件」脚本：押井 守／絵コンテ：知吹愛湯弓／演出：原田奈奈／作画監督：西村誠芳／GUEST：久保：西岡 有
部外者は滅多に訪れない特車二課内で、次々に食べ物がなくなるという事件が起こる。はじめは野明のチョコや、後藤のウイスキー、クリームや佃煮程度だったのが、整備員が作った大量な干物、ひろみが飼っていた鶏にまで被害が及ぶに至って黙ってはいられない。夜間パトロールで追いつめた犯人は、ちょうど特車二課の地面下辺りに網の目のように張り巡らされた、今はもう使わなくなった”埋め立て地にゴミを運ぶための地下搬入路”に住み着いた住人らしいことが判明。「大切な食料盗難事件」の解明と犯人逮捕のため第二小隊はいざ、地下道へ。
しかし、勇んででかけた太田＆進士の第一班からは通信が途絶えてしまう。太田達の救助に向かった第二班を待っていたものは・・・？
押井さんらしい、ちょっとはらはらさせる作品ですね。
第39話「量産機計画」脚本：並木 敏／絵コンテ：菊池一仁／演出：青木康直／作画監督：高木弘樹／GUEST：実山：辻村真人
篠原重工は。以前特車二課に話のあった量産機レイバーの改良型を開発中。そのレイバーのテストのために太田、野明、五味丘の三人が篠原重工筑波研究所に出向く。結果、五味丘と太田は量産機を高く評価するが、野明だけはいまいち不満顔。
やがて野明は二度目のテストで、前回より格段に性能が上がっているレイバーに驚く。それもそのはず、篠原重工は、テストを通じパイロットの最良技術をデータとして機体にインップトすることで、熟練した操縦者でなくても簡単に一流の運転が出来る、全く新しいレイバーを開発中なのだった。
そんなある日、最終テストとしてイングラムとの格闘戦の申し出が来る。量産機のパイロットは新人、イングラムは野明。はたして量産機はイングラムを越えることが出来るか・・・！？
しろうとでもできる！？まるでウイｘドウズ95みたいな売り文句ですね。
第40話「沿岸警備命令」脚本：須釜重美／絵コンテ・演出：浦田保則／作画監督：磯野 智／GUEST：老人：緒方賢一
真夏のある夜、四庫村の海で村の青年、勝治の漁船が何者かによって沈められた。村の老人の話では、今まで漁場が荒らされるのを恐れて隠し通してきたが、事件のあった岩場には昔からプレシオサウルス（プレッシー）の巣があるということだった。第二小隊は半信半疑の中、村の沿岸を警備することになる。
翌日、早速噂を聞きつけてきたTV局や、ヤジウマたちが村の海岸に押し寄せ、四庫村は一変して最盛期の海水浴場のような賑わいを見せる。けれど、あたかもずっと前からその事態を予測していたかのように手際よく用意される屋台や広告看板、手際よく修理される海の家などに後藤隊長は何やら作意の臭いを感じる。はたして野明達は、幻の生き物プレッシーに遭遇することができるのか？
ま、半分隊員達の夏休みですね。おたけさんの水着姿が・・・・
