第21話「亡霊（ファントム）再び」脚本：伊藤和典／絵コンテ：吉永尚之／演出：浦田保則／作画監督：戸部敦夫／GUEST：黒崎：土師孝也 他
他の隊員達とは別に、ひとり八王子の工場に三号機を受領しに行った遊馬。このため野明は不安なまま大島に到着する。そんな野明達に後藤隊長は「ファントムとは出来る限りやり合わず、逃げれるなら逃げれるだけ逃げ切って、あとは自衛隊にまかせろ」と言う指示を出す。敵側の狙いが、自分たちのレイバーをイングラムと戦わせて実践経験値をあげることだと悟ったからだ。
しかし、上陸したファントムの攻撃を受けて太田機と自衛隊機がやられて事態は深刻になる。東京テレポートの悪夢が大島を舞台に再び蘇ったのだ。そんな状況をただ、黙って見ていることにたえられなくなった野明は、後藤隊長の命令を無視して戦いに加勢してしまう。けれども野明をまっていたのは敵の罠！そして苦戦をしている野明を助けるのは・・・！？
やがて事件は解決されるが、後藤隊長だけは、さらなる事態を予感するのであった。
ファントム後編です。さらなる戦いとは・・・！？
第22話「花とレイバー」脚本：横手美智子／絵コンテ：菊池一仁／演出：青木康直／作画監督：西村誠芳／GUEST：藤岡：永井一郎 他
「レイバー安全運転講習会」を受け持った第二小隊。その講習会に、もろヤクザ屋さん関係の人物がやってくる。一瞬びびって警戒する野明達だったが、花藤組の組長と名乗るその男が、ただ純粋に新手のコレクションとしてレイバーに興味を持っているだけとわかりほっとして、やがて仲良くなる。
けれど、レイバーをコレクションという可愛い趣味として見ているうちは良かったが、大那組の組長という強力なライバルの出現によって花藤のレイバー熱はどんどんエスカレートして、あげくは自分でもレイバーを操縦して野明達の代わりに実際の事件を解決しようなどという行動に走ってしまう。
なんとなく、立場が違うような気も・・・。事件起こされるよりはいいけど・・・。
第23話「香貫花レポート」脚本：有栖ひばり・吉永尚之／絵コンテ：吉永尚之／演出：原田奈奈／作画監督：高木弘樹／GUEST:多美子：TARAKO 他
半年間の研修を終え、香貫花がニューヨークに帰る日がやってきた。 「日本人流のウエットなつきあいは苦手」と言って送別会を辞退する香貫花。けれどももちろん、第二小隊のメンバーがそのままあっさり香貫花を見送るはずがない。野明たちは香貫花には内緒で「香貫花送別会・開催作戦」を決行する。
香貫花の尾行を野明にまかせ、残りのメンバーは香貫花のマンションへ行きパーティの準備を始める。が、その最中香貫花が日本での研修結果としてニューヨーク市警に提出するレポートを発見し、面白半分に盗み見してしまう。やがて香貫花の第二小隊隊員一人一人の評価がどんどん暴かれ、その笑えない内容に思わず・・・
香貫花らしい、客観的な意見が見られるとともに、これまでの総集編的な意味あいを持った作品です。
第24話「さらば香貫花」脚本：伊藤和典／絵コンテ：吉永尚之／演出：元永慶太郎／作画監督：高岡希一／GUEST：猫渡：吉村よう 他
いよいよ帰国の日を迎えた香貫花。けれど突然搭乗した飛行機、ボーイング747が離陸直前にハイジャックというハプニングが起こる。犯人の猫渡と名乗る男の要求は、地球防衛軍「海の家」のシンパで、友人の犬走を釈放して機内に連れてくることだった。けれど、この猫渡と言う男は、ハイジャック犯の割りには腰が低くて優しい性格。おまけにハイジャックに関してほとんど素人同然というお粗末な有り様。香貫花の鋭さとは対照的なキャラクターである。
事件は、香貫花の持ち前の機転と第二小隊の協力で見事に解決し、香貫花も今度こそアメリカへ帰ってゆく。
ほんとに最後までご苦労様です。といいながら、いつもいいところで活躍する今後の香貫花に期待・・・
第25話「春の嵐」脚本：横手美智子／絵コンテ：滝沢敏文／演出：西山明樹彦／作画監督：井口忠一／GUEST：多美子：TARAKO 他
香貫花がニューヨークに帰ってから二号機の指揮は進士が担当することになった。しかし、二号機と言えば操縦しているのは太田。ただでさえ不慣れで戸惑っている進士なのに、それに追い打ちをかけて太田は進士の失敗をきつく叱る。そんなことの連続で自分の警察官への適性までも疑い始める進士。
そんな進士の元に、ある日ヘッドハンティングの電話がかかってくる。コンピュータ関係の仕事で、年棒も今の三倍、しかも部長になれるというおいしい内容。相手の会社の社長は、進士をえらく見込んでいる様子で部長どころか専務で迎えてもいいと話す。進士の心はグラフラ揺れ、とうとう決心して辞表を書き、後藤隊長に渡そうとするが、その時・・・
太田さんが悪い！そんなにいじめなくても・・・。ま、人にはそれぞれ適性というのがあることですし・・・
第26話「私が熊耳武緒です」脚本：横手美智子／絵コンテ：加瀬充子／演出：浦田保則／作画監督：戸部敦夫／GUEST：責任者：大塚明夫 他
香貫花の後任として第二小隊に赴任してきた熊耳武緒。この男のようにイカツイ名前の人物は、料理もうまくて気だてのいい美人という女性の鑑のような人だった。そんな外見は、はたしてこの第二小隊でやっていけるのかと太田や遊馬を不安がらせるが、後藤隊長だけは一向に不安な様子がない。
やがて日が経つに連れ、熊耳の能力にみんなが気づくようになる。コンピュータのデータ処理をやらせても、イングラムの機動をやらせても、全てにおいてほとんど完璧にこなす熊耳。けれどもそんな熊耳を見て、野明は逆に自分の能力に自信喪失してしまう。やがて第二小隊に出動命令が出され、太田機の指揮に熊耳を迎えて事件に望む野明。
事件は熊耳の頭脳と、野明の勘の良さで無事解決する。熊耳の能力が存分に味わえる着任物語。
第27話「闇に呼ぶ声」脚本：伊藤和典／絵コンテ・演出：青木康直／作画監督：西村誠芳／GUEST：石野竜三 他
レイバーに関するデータ収集と撤去訓練のために第二小隊はある廃墟へ行く。が、そこは昔からいつも悲惨な事件に巻き込まれ、被害者を多くだしているいわく付きの場所だった。当然第二小隊の身の上に、何も起こらないはずはなく野明達は数々の謎の出来事に遭遇する。訓練中に突然イングラムが動かなくなったり、ボーとしている後藤隊長の所へ何の脈絡もなく日本兵の亡霊が現れ襲いかかったり・・・
そんな出来事の連続で、みんながナーバスになっているとき、一人の少年が野明にある場所を示す。後には引けない第二小隊がそこを掘り出すと、出てきたモノはなんと・・！第二小隊が解いた200年の謎とは！？
おたけさんの意外な一面がのぞける、とっても夏向きのお話です。
第28話「怪しいふたり」脚本：伊藤和典／絵コンテ：滝沢敏文／演出：元永慶太郎／作画監督：高木弘樹／GUEST：内海：鈴置洋孝
休みの日、二人で映画を見に行った野明と遊間は、帰りにゲームセンターへより、そこにあった「パトレーバー」というゲームに挑戦する。が、見事に惨敗、あっさりゲームオーバーになってしまう。そんな二人の目の前で、全面オールクリアしてしまう謎の男と少年がいた。”本物のイングラムの操縦よりも、こっちの方が難しい”と野明に言わせるほどのこのゲームを、こんなに簡単にクリアしてしまうこの二人は一体何者なのか。
実はこの二人こそ、第二小隊にファントムをぶつけた黒崎の上司でシャフトジャパン企画7課の課長、内海と彼が新規に開発中のレイバー「グリフォン」のパイロットとして連れてきた天才少年バドだったのだ。第二小隊と対決する「グリフォン」が動き出すまであと二週間。シャフトが活動を開始した。第二小隊の平和な日々ももうすぐ終わる・・・
いよいよグリフォン編の始まりですね。ワクワクしちゃいますね。
第29話「特車二課壊滅す」脚本：押井 守／絵コンテ：吉永尚之／演出：西山明樹彦／作画監督：井口忠一／GUEST：オヤジ：渡部 猛
お昼だけとは言え、埋め立て地まで出前をしてくれる唯一の店「上海亭」は、特車二課にとっては
貴重な食料供給源。ある昼休み、いつものように出前をとろうとするが、相変わらずみんな好き勝手にバラバラのオーダー。やっとのことで注文の電話を終えても、今度は肝心の出前が一向にこない。それもそのはず、ただでさえ忙しい昼時に輪をかけた大量発注なので、料理が追いつかないのだ。
やがて、待ちくたびれた太田は電話で催促。けれどお腹が空いて普段以上に怒りっぽくなっているため出前持ちのツトムに例によってつらくあたる。太田には怒鳴られ、主人にはグズグズするなとどやされるツトムは、ついに我慢できなくなり出来上がった料理をもったまま、行方をくらませてしまう。かくて空腹感から怒りの最高潮に達した特車二課の面々は・・・・・・
食い物のうらみはおそろしいですからねぇ。しかし・・・・
第30話「グリフォン参上！」脚本：伊藤和典／絵コンテ：滝沢敏文／演出：浦田保則／作画監督：高岡希一／GUEST：不破：勝生真砂子 他
小笠原で演習中の陸自のレイバーを襲った黒いレイバーは「ぐりふぉん参上」と砂浜に書き残し、夜の闇に消える。関係者は混乱するが、何を隠そうこれがシャフトジャパン企画７課が開発した、限りなく人型に近いレーバー「グリフォン」だった。パイロットはもちろん内海の秘蔵っ子バド。この夜襲も「グリフォン」の機能テストで、計画のほんの始まりに過ぎない。内海の次のターゲットは「国際レイバーショウ」。目的はイングラムを捕獲し、AVオペレーションシステムを手に入れることだ。
一方特車二課の内部では、小隊増設とそれに伴う新型レイバー導入の噂が流れる。けれど、新型機を導入するには、第二小隊のイングラム２機を下取りに出さなければならない。その話を聞いた野明は後藤隊長に抗議するが・・・
さあ、いよいよグリフォン始動！
