第1話「グリフォン復活」脚本：伊藤和典／演出：元永慶太郎／作画監督：高木弘樹／メカ作監：前田明寿／美術：渋谷幸弘／GUEST：バド：合野琢真、内海：鈴置洋孝、黒崎：土師孝也
世界各地から続々と大物レイバー関係者が結集したある晩、東京湾に正体不明の黒いレイバーが出現した。まさか・・・！？迎え撃つべく出動した第一小隊と最新鋭機AVゼロ・ピースメイカーの前に現れたのは、かつてイングラムと死闘の末バビロンの城門に沈んだはずのタイプJ9-グリフォンだったのだ！！
第2話「災厄の日」脚本：横手美智子／絵コンテ：菊池一仁／演出：浦田保則／作画監督：山田きらさか／GUEST：警官：石野竜三、高校生：真殿光昭
いかに元気いっぱいの野明とはいえ、コンディションの悪いことも−。この日、野明は、あまりの歯痛で眠れずに朝を迎え、食事もとれずに苦しんでいた。氷も薬も遊馬の気遣いもむなしく歯痛は悪化するばかりで、野明の頬はもうパンパン。そんなとき、盗難レイバーの暴走事件が発生、急遽出動した特車二課だったが・・・・。
第3話「逆襲のシャフト」脚本：伊藤和典／絵コンテ：菊池一仁／演出：青木康直／作画監督：高見明男／GUEST：バド：合野琢真、内海：鈴置洋孝、黒崎：土師孝也 他
ピースメイカー墜つ！壊れたゼロの無念の帰還。そしてメーカー送り。見守る第一小隊の胸の内は・・・。黒いレイバーとイングラムとのリターンマッチ・・・「そういう事態の起こらないことを祈りますよ・・・」そう嘆く後藤も、それを避けては通れないことを感じていた。
そして、第二小隊の眠れぬ夜があけた。年末も年始もなくなりそうな気配に隊員達の思いもそれぞれ。だが、黒いレイバーを止めなければ特車隊に正月はない。いつ出動がかかるかわからない緊張の中、訓練が進められ一日が終わった。しかし水面下での不穏な動きは着々と進み、それはまさしく激しい嵐の前のほんの一時の静けさであった。
一方第二面に備えてメンテナンスを受けるグリフォン、見守る内海と黒崎・・・。シャフトジャパン内部にも、新たな動きが生まれ初めていた。上層部と対立し、シャフト離脱を謀る内海、それに絡む黒崎の不穏な動き。黒崎の真意はどこに。さまざまな謎と思惑とともに、しかし何も知らずにグリフォンに乗り込むバド。
果たして松井はシャフトを追いつめることはできるのか。熊耳と内海の関係は？そして香貫花はどう動くのか？そして12月31日。雪降り積もる夜の東京湾舞浜に、グリフォンの漆黒の機体がついにその姿を現した−！
第4話「視聴率90％」脚本：有栖ひばり／演出：元永慶太郎／作画監督：高木弘樹／GUEST：クマ五郎：神山卓三 他
子供向け番組「おかあさんとごいっしょ」の最終日。２０年もの間、変わらない笑顔でちびっこの心をつかんできたクマ五郎が、司会のお姉さん達を人質にスタジオに立てこもった。そのクマ五郎が小型レイバーを使ってたもんだから、「なんだって俺達が・・・」と太田の嘆きもむなしく第二小隊の出動となった。
この番組が終われば仕事が無くなるクマ五郎は、退職金代わりに３億円をテレビ局に要求。テレビ局側はここぞとばかりに事件を生放送して視聴率をかぜごうとする。当然、事件の解決には非協力的。
現場が狭く、アルフォンスも使えない。そこで第二小隊が考えた手は・・・。現金の入ったケースを手におタケさんはスタジオへと歩き出す。
第5話「史上最大の決戦」脚本：伊藤和典／絵コンテ：いづぶちゆたか／演出：青木康直／作画監督：鈴木洋孝／GUEST：バド：合野琢真、内海：鈴置洋孝、黒崎：土師孝也
ピースメイカーを何の苦もなく撃破し、自信満々のバド＆グリフォン。
第二小隊が取った作戦は、舞浜周辺へ被害が拡大するのを避けるための舞浜大橋での挟み撃ち。強引にグリフォンの前方へ回り込む一号機。しかもデッキアップもしないキャリア搭載状態のまま。一見無謀のようだが、バドにとっては前方に回られたからといって何も不都合はない。まして起動前のアルフォンスなど攻撃するはずもない。グリフォンの目的はただ一つ。「お姉ちゃんとの決着」なのだから。
内海にしても同じである。同じ土俵でねじ伏せてこそ、グリフォンの強さをアピールできるというもの。ここはバドとグリフォンへの絶対的な信頼と自信が存在する。
こんな二人の自信と信頼を裏付けるようなグリフォンの強さ。それはライアットガンを構えて気合い十分なはずの太田・二号機に向けられた。慌てまくる太田を尻目に的確に襲いかかるグリフォン。水中戦に持ち込まれ、手も足も出ずに水没する二号機。第二面は終了した。
第三面に向けてメンテナンスを受けている間も、バドはお姉ちゃんに対する自分の優位を信じていた。グリフォンに損傷はない。メンテナンスも十分。対するイングラムは警戒体制をとったまま、充電もままならず、戦闘になっても周辺への配慮から、思い切った攻撃もできないはず。「・・・勝てる」
不敵に再上陸するグリフォン。案の定、第三面の展開はアルフォンスに不利であった。無情にも点灯するアルフォンスのバッテリー警告灯。第三面はまさしくプレゼンの仕上げにしか過ぎないのか・・・。
突撃レポーターのコケンにかけてと張り切る桃子。二号機を失ったものの、桃子と共に内海をおいつめる熊耳。そして強力な助っ人香貫花が急ぐ。
